保存では「Adobe Illustrator 9.0書類」「Adobe PDF（PDF）」「Illustrator EPS（EPS）」の3種類が選択できる。付属「サンプルアート／サイエンスポスター.ai」をいろんな形式で保存。元データは325KB。（サンプルのクレジットを見ると、ファイルには新しい機能：描画モード、効果、レイヤーマスク、ネストレイヤー、透明と記載されている）IllustratorEPS形式で保存すると15.3MB。

「Adobe Illustrator 9.0書類／Illustrator 8.0」形式で、「透明度／アピアランスを保持（透明部分を分割）で保存。形状はそのまま保存されるが、保存に時間が大分かかってしまう。と、いうより開いてからの描画に時間がかかる。透明部分のパスが分割されるためか、容量も33MBまで膨らんでしまう。また、Illustrator 8.0形式で保存したファイルを再度Illustrator 9.0で開くのにも相当な時間を要する。「Illustrator 7.0」形式で保存してみると「Illustrator 8.0」形式と同様の結果になる。「Illustrator 6.0」形式で保存すると、容量は32.7MBとなり、保存時間も相当かかってしまう。保存したファイルをIllustrator 9.0で再び開こうとすると以下のボックスが出て、「CMYK」「RGB」のどちらを選択しても、ファイルを開くことはできなかった。各バージョンのIllustratorEPS形式で保存しても同様。

「Illustrator 5.0・5.5」すると、容量は1.5MBとかなり少なく、保存に要する時間も2〜3分で終了する。再度、Illustrator 9.0で開くと、上図のような結果になってしまう。「Illustrator 4.0」「Illustrator 3.0／3.2」も「Illustrator 5.0・5.5」形式と同じ結果となる。IllustratorEPS形式で保存しても同様。

Illustrator 9.0からPDFに保存するときに、オプションセットで初期設定とカスタムとスクリーン（最適化）の3種類が選択できる。ファイル互換ではAcrobat 4.0とAcrobat 5.0の何れかを選択。どちらも「Illustrator編集機能を保持する」ことが可能。オプションで「すべてのフォントを埋め込む」「使用しているキャラクタの割合が少ない場合にはサブセットフォントにする」「サムネールを生成」を選択できる。

上記の組合せでいくつかのPDF保存を試したが、Illustrator 9.0からのPDF保存では「パス上文字」が白く抜けてしまう。

今度はIllustrator 9.0からのEPS保存に保存し、Distillerを使いPDFに変換すると上図のように正常PDFが作成される。